Nama Bontomanai diambil dari sebuah perkampungan di jaman dahulu yang di huni oleh segenap warga. perkampungan tersebut belim mempunyai akses jalan lebih-lebih lagi penerangan jalan, hidup warga waktu itu masih serba kekurangan. dengan perjalanan waktu, keamanan Negara sudah juga mulai membaik. di sekitar tahun 1958 Kampung Bontomanai yang dulunya masih menjadi perkampungan sudah mulai di tinggalkan dan akhirnya warga mengungsi di pinggiran jalan Propinsi. dulu Bontomanai menjadi sebuah perkampungan menjadi sebuah perkampungan. Kampung Bontomanai di bawahi "Gallarrang Lakatong , Distrik Tatallasa Timur". Dengan perkembangan Pemerintahan Nama Kampung berubah menjadi Dusun dan Gallarrang sudah menjadi Desa dan Distrik berubah menjadi sebuah Kecamatan. Dan dengan sendirinya Kampung Bontomanai menjadi Dusun Bontomanai, Gallarrang Lakatong Berubah menjadi Desa Lakatong dan Distrik Tatallasa Timur menjadi Kecamatan Mangarabomabng.
Dengan Surat Keputusan Gubernur Propinsi Sulawesi Selatan ( Nomor Tidak diketahui ), tertanggal 25 Januari 1988 Desa Bontomanai dari beberapa Desa Di Kabupaten Takalar terbentuk menjadi sebuah Desa Persiapan dengan tujuan utamanya adalah Pendekatan Pelayanan Masyarakat. Pada Tahun 1992, Desa Bontomanai dan beberapa Desa di Kabupaten Takalar sudah menjadi Desa Definitif. Pada bulan januari 1993 dilakukan Pemilihan Kepala desa Pertama di Desa Bontomanai dan Pada tanggal 17 Maret 1993 dilantk Kepala Desa pertama hasil Pemilihan.
Desa Bontomanai awalnya hanya 5 Dusun yaitu Dusun Bontomanai, Dusun Bontobila, Dusun Balang, Dusun Lakatong Pulau, dan Dusun Matteke. Pada Tahun 1994 Dusun Balang dimekarkan menjadi dua Dusun yaitu Dusun Balan dan Dusun Bontopa'ja.
Adapun Pejabat Kepala Desa Bontomanai dari masa ke masa sebagai berikut :
- BACHTIAR, BA ( Kades Persiapan dan Defenitif dari Tahun 1988-1992 )
- SYACHRIR MILE, dari Tahun 1992-2001
- MUHAMMAD SOFYAN , dari Tahun 2001-2006
- AGUS SALIM, Dari Tahun 2007-2018
- AHMAD NUR, S.Pt , Dari Tahun 2019
- SYAMSUL BAHRI, Dari tahun 2019
- MAPPATURUNG, S.SOS
- MUHAMMAD ARIS, S.SOS 2021-2029
Desa Bontomanai semakin Tahun semakin maju dengan keberadaan Dana Desa dan Alokasi Dana Desa untuk memenuhi kebutuhan kebutuhan masyarakat dan tidak lain tujuan untuk kesejahteraan masyarakan.
Demikian Sejarah singkat terbentuknya Desa Bontomanai kami buat dengan sebenarnya.